Pratiques de laboratoire pour la culture de spécimens de selles pour les agents pathogènes bactériens, y compris Escherichia coli O: H, dans les sites FoodNet, –

En, nous avons examiné des microbiologistes dans des laboratoires cliniques, qui ont testé des échantillons de selles, des méthodes de laboratoire et des politiques pour les tests de routine des échantillons de selles pour les espèces Salmonella, Shigella, Campylobacter et Vibrio, Yersinia entercolitica et Escherichia coli O: H Les résultats ont été comparés à ceux de relevés similaires menés en et bien que ces laboratoires aient systématiquement testé les espèces Salmonella, Shigella et Campylobacter, seuls% ont été régulièrement testés pour E coli O: H,% pour Y entercolitica et% pour les espèces Vibrio. les proportions d’échantillons de selles qui ont donné ces agents pathogènes étaient les suivantes: Campylobacter,% d’échantillons; Salmonella,%; Shigella,%; et E coli O: H,% La proportion de laboratoires qui ont régulièrement testé E coli O: H a augmenté de% en à% en; Cependant, la proportion d’échantillons de selles testés a diminué de% à E coli O: H devrait être systématiquement recherchée dans les échantillons de selles soumis à la culture microbiologique

Les laboratoires de microbiologie clinique sont à la base de la surveillance de santé publique en laboratoire pour les maladies infectieuses Par l’identification et la notification des infections confirmées par la culture aux autorités de santé publique, les laboratoires cliniques jouent un rôle essentiel dans la reconnaissance des épidémies épidémiologiques. L’interprétation des tendances dans les données de surveillance en laboratoire doit donc tenir compte, entre autres, des procédures d’analyse en laboratoire. Dans le Réseau de surveillance active des maladies d’origine alimentaire, FoodNet a entrepris une surveillance active des maladies confirmées en laboratoire causées par des bactéries. pathogènes communément transmis par les aliments L’un des objectifs de ce réseau est de surveiller plus précisément le fardeau des maladies d’origine alimentaire aux États-Unis. Une des principales conclusions de la surveillance de FoodNet est qu’il existe des variations substantielles d’infections bactériennes confirmées en laboratoire. fo Par exemple, l’incidence de l’infection à Escherichia coli O: H variait d’un cas à l’autre, de la population du Maryland au Minnesota, et l’incidence de l’infection à Campylobacter variait selon le type de pathogène. Pour décrire les pratiques de culture utilisées dans les laboratoires de microbiologie clinique dans les sites FoodNet et pour déterminer si les variations de l’incidence des infections bactériennes bactériennes confirmées en laboratoire étaient dues à la pratique de laboratoire, nous avons mené une enquête sur les pratiques de laboratoire en laboratoire. Nous avons comparé nos résultats avec ceux des enquêtes précédentes menées en et Ces données, combinées à des informations sur la fréquence d’isolement des agents pathogènes, ont été utilisées pour examiner les conséquences potentielles des recommandations d’E. coli O: H

Méthodes

Les chercheurs de FoodNet ont mené une surveillance active des infections confirmées en laboratoire avec des espèces de Salmonella, Shigella, Campylobacter et Vibrio, E coli O: H et d’autres E. coli STEC productrices de shigatoxines et Yersinia enterocolitica dans des laboratoires cliniques situés dans des sites FoodNet et dans de grands laboratoires commerciaux. en dehors des sites ayant reçu des échantillons de selles des résidents des sites La définition de cas de surveillance FoodNet exclut les isolements multiples du même agent pathogène d’un patient en quelques jours Les enquêtes sur les pratiques des laboratoires participant à la surveillance FoodNet ont été menées en, et In Minnesota, Oregon, et des comtés sélectionnés en Californie Alameda, Contra Costa et San Francisco, Connecticut Hartford et New Haven, et Georgia Clayton, Cobb, DeKalb, Fulton, Gwinnett, Newton et Rockdale; Dans les comtés de Connecticut, Fairfield, Georgia Barrow, Bartow, Carroll, Cherokee, Coweta, Fayette, Forsyth, Henry, Paulding, Pickens, Spaulding, et Walton, Maryland Anne, la population totale des sites FoodNet était de millions de personnes. Arundel, Baltimore, Baltimore, Carroll, Harford et Howard, et New York Albany, Columbia, Genesee, Greene, Livingston, Monroe, Montgomery, Ontario, Orléans, Rensselaer, Saratoga, Schenectady, Schoharie, Wayne et Yates ont été ajoutés; la population, selon les estimations postcensus, était de millions de personnes% de la population américaine Dans, les comtés dans le Colorado Adams, Arapahoe, Denver, Douglas et Jefferson et Tennessee Cheatham, Davidson, Dickson, Hamilton, Knox, Robertson, Rutherford, Shelby, Sumner , Williamson et Wilson ont été ajoutés; la population totale dans les sites était de millions de personnes% de la population américaine Nous avons obtenu le consentement éclairé de tous les participants et mené l’étude conformément aux lignes directrices pour la recherche humaine spécifiées par le Département de la Santé et des Services Humains des États-Unis. des pratiques de laboratoire pour l’identification des espèces Salmonella, Shigella, Campylobacter et Vibrio, E coli O: H et autres STEC et Y enterocolitica dans les échantillons de selles ont été distribuées aux superviseurs de microbiologie de tous les laboratoires ayant participé à la surveillance FoodNet. sur les pratiques d’essai de routine et les méthodes d’identification des agents pathogènes bactériens sous surveillance dans FoodNet Le nombre de spécimens de selles testés pendant une période de temps avant la réalisation de l’enquête a également été collecté Dans l’enquête, les microbiologistes ont été invités à rapporter le nombre d’échantillons de selles. reçu en août; Dans le cadre des enquêtes, les microbiologistes devaient déclarer le nombre de selles reçues au cours de l’année précédente. Nous avons défini les tests E coli O: H sur place comme performance de culture de selles bactériennes avec du sorbitol-MacConkey SMAC ou de la céfixime-tellurite SMAC CT-SMAC agar ou avec un immunodosage de la toxine Shiga ou de l’antigène O, avec un test de confirmation effectué sur site ou au laboratoire public de santé publique. Nous avons estimé le taux d’isolement en utilisant le nombre d’échantillons de selles donnant Salmonella, Shigella, Campylobacter ou E coli O: H et ont été identifiés par la surveillance de FoodNet dans l’un ou l’autre, divisé par le nombre total d’échantillons de selles testés pour chaque laboratoire qui a régulièrement testé l’agent pathogène cette année-là.Décrire les tendances dans la pratique, sous-ensemble des laboratoires inclus dans toutes les enquêtes ont été analysées. Pour évaluer les changements dans les pratiques, la fréquence à laquelle les laboratoires ont régulièrement testé tous les échantillons de selles pour chaque agent pathogène et le nombre d’échantillons de selles reçus a été évalué Les réponses ont été saisies dans le logiciel Epi-Info, version Centres de contrôle et de prévention des maladies, Atlanta, GA et analysées à l’aide du logiciel SAS, version SAS Institute

Résultats

Les pratiques de laboratoire dans un questionnaire ont été envoyées à tous les laboratoires qui ont participé à la surveillance active dans les sites FoodNet. Parmi ceux-ci, les questionnaires% ont été retournés; des questionnaires retournés ont été exclus de l’analyse en raison de données manquantes, laissant Le temps médian indiqué pour remplir le questionnaire était min plage, – min Une estimation du nombre de spécimens de selles traités pour les pathogènes bactériens dans, l’année avant l’enquête, était fourni par% du tableau des laboratoires Dans l’ensemble, le nombre médian de spécimens de selles traités par laboratoire au cours de cette année était la gamme, -, spécimens

En particulier, les laboratoires% ont testé l’agglutination au O LPS et ont confirmé biochimiquement que l’isolat était E coli sur le site, les laboratoires ont été testés pour l’agglutination. Seuls les laboratoires% biochimiquement ont confirmé que l’isolat était E. coli sur le site seulement, et les laboratoires n’ont pas effectué de tests supplémentaires sur les colonies négatives de fermentation de sorbitol avant de transmettre l’isolat au laboratoire public de santé publique ou au laboratoire de référence. % des laboratoires n’ont pas transmis l’isolat à un laboratoire de référence après la détection des colonies sorbitol-négatives Soixante-dix pour cent des laboratoires qui n’ont pas transmis l’isolât testé pour l’agglutination au LPS O sur le site Pour augmenter la sensibilité de la culture laboratoires qui ont testé E coli O: H sur le site en utilisant des méthodes de culture utilisées enric Hement brothNon-O STEC Au total,% des laboratoires ont utilisé un immunodosage de toxine Shiga pour dépister les STEC, y compris les sérotypes non-O; ces laboratoires ont traité,% des échantillons de selles totaux testés dans les sites FoodNet. Seuls les laboratoires qui ont testé le STEC en utilisant un immunodosage de la toxine Shiga ont testé tous les échantillons de selles pour STEC en utilisant ce test; Dans les laboratoires qui ont testé des échantillons de selles pour le STEC en utilisant l’immunodosage de la toxine de Shiga,% ont facilité la caractérisation ultérieure des échantillons de selles positives pour la toxine Shiga. Spécifiquement, les spécimens cultivés de Shiga-toxine pour E. coli O: H et envoyés des échantillons qui n’ont pas donné E. Coli O: H au laboratoire de santé publique de l’état, et les laboratoires ont envoyé les échantillons positifs de toxine de Shiga au laboratoire public de santé publique sans autre essai. Les laboratoires qui n’ont pas facilité la caractérisation Les échantillons de selles comprenaient un grand laboratoire commercial qui traitait des spécimens de selles à Yersinia Trois cent vingt-huit% des laboratoires participants ont déclaré avoir testé des échantillons de selles pour les espèces Yersinia Parmi ceux-ci,% ont été testés sur place gélose novobiocine CIN ou gélose Yersinia-sélective Des laboratoires qui testent tés sur place,% testent systématiquement tous les spécimens de selles pour Yersinia Ces laboratoires ont testé un pourcentage estimé de selles reçues par des laboratoires testés sur place pour Yersinia. Cependant, seulement% des laboratoires ont déclaré utiliser de la gélose CIN ou de la gélose Yersinia-sélective. les laboratoires qui testaient régulièrement Yersinia mais n’utilisaient pas de gélose CIN, les laboratoires utilisaient la gélose MacConkey, utilisaient à la fois MacConkey et la gélose XLD lysine désoxycholate XLD, la gélose XLD utilisée, et les laboratoires restants n’indiquaient pas les milieux sélectifs utilisésVibrio Deux cent soixante-seize des laboratoires participants ont déclaré avoir testé des spécimens de selles pour les espèces de Vibrio Parmi ceux-ci,% ont été testés sur site; % utilisés thiosulfate citrate sels biliaires saccharose TCBS agar, et% testés en routine tous les échantillons de selles pour les espèces Vibrio Ces laboratoires ont testé un pourcentage estimé des échantillons de selles reçus dans des laboratoires testés sur site pour les espèces Vibrio. Utilisation de gélose TCBS Des laboratoires qui testaient régulièrement les espèces de Vibrio mais n’utilisaient pas de gélose TCBS, les laboratoires utilisaient de l’agar à plaques de sang, de la gélose MacConkey et les laboratoires restants n’indiquaient pas les milieux sélectifs utilisés. =, Connecticut n =, Géorgie n =, Minnesota n =, et Oregon n = ont participé à chacune des enquêtes qui ont évalué les pratiques de laboratoire en, et Parmi ceux-ci,% étaient des hôpitaux et% étaient des laboratoires indépendants, y compris des médecins de groupe. laboratoires d’essais et grands laboratoires commerciaux Environ les deux tiers des échantillons de selles traités par ces laboratoires étaient o Sur la base des proportions médianes par laboratoire,% des laboratoires,% ont fourni des estimations du nombre d’échantillons de selles reçus et les laboratoires ont déclaré avoir reçu des échantillons de selles en nombre médian par laboratoire; gamme, – et, échantillons de selles en nombre médian par laboratoire,; Dans le et le, le pathogène le plus fréquemment isolé était Campylobacter% et% d’isolats, respectivement; En général, les taux d’isolement de Campylobacter étaient plus élevés en Californie et en Oregon que dans le Connecticut, en Géorgie et au Minnesota. Salmonella était le deuxième pathogène le plus souvent isolé des isolats et en% En général, Shigella était isolé à un taux plus élevé E coli O: H, sauf dans le Minnesota en Oregon et dans le Connecticut entre et, le taux global d’isolement a diminué pour Campylobacter et Shigella, a légèrement augmenté pour Salmonella, et est resté le même pour E coli O: H

Diapositive d’isolement parmi les laboratoires qui ont signalé des tests de routine pour Salmonella, Shigella, Campylobacter ou Escherichia coli O: H pendant ou par le pathogène et le site FoodNetTable Voir grandTarifs de l’isolement parmi les laboratoires qui ont signalé des tests de routine pour Salmonella, Shigella, Campylobacter, ou Escherichia coli O: H pendant ou par le pathogène et le site FoodNet Dans ce sous-groupe de laboratoires enquêtés dans, et, le nombre de laboratoires qui ont régulièrement testé des échantillons de selles pour les espèces Salmonella, Shigella et Campylobacter est resté constant entre et. En revanche, la proportion d’échantillons de selles testés régulièrement pour E coli O: H a diminué de% à%. Vingt-deux pour cent des laboratoires ont commencé test de routine pour E coli O: H entre et, et% cessé régulièrement de tester E coli O: H; En janvier, ce laboratoire a commencé à tester des spécimens de selles pour E. coli O: H en utilisant des méthodes de culture uniquement à la demande du médecin, puis à passer à un immunodosage de toxine de Shiga uniquement à la demande du médecin. en novembre Des variations dans les pratiques d’essai ont eu lieu par site, une proportion plus élevée de laboratoires du Connecticut, du Minnesota et de l’Oregon testant régulièrement des échantillons de selles pour E coli O: H que les laboratoires de Californie et de Géorgie. des échantillons de selles soit de façon routinière ou lorsque l’échantillon de selles a semblé ensanglanté a augmenté de% en à% en; Cependant, la proportion d’échantillons de selles testés dans ces laboratoires a diminué de% à%

Tableau View largeTélécharger les pratiques d’essai pour Escherichia coli O: H dans les laboratoires cliniques qui ont participé aux enquêtes de laboratoire, et de FoodNetTable View largeTélécharger diapositiveTesting practices for Escherichia coli O: H dans les laboratoires cliniques qui ont participé aux enquêtes de laboratoire, et FoodNet Les échantillons de selles des espèces de Yersinia étaient moins fréquemment analysés que les espèces Salmonella, Shigella et Campylobacter. Parmi les laboratoires qui testaient systématiquement tous les échantillons de selles pour les espèces de Yersinia, il y avait des laboratoires qui avaient cessé de les tester régulièrement. Les tests de routine sur les échantillons de selles pour les espèces de Vibrio ont été effectués le moins souvent. Parmi les laboratoires qui ont systématiquement testé tous les échantillons de selles pour Vibrio, il y en avait qui avaient cessé de faire des tests de routine.

Discussion

Les changements dans les méthodes ou la fréquence de culture n’expliquent pas les tendances observées dans la surveillance de FoodNet pour l’infection à Salmonella, Shigella ou Campylobacter. Cependant, le taux d’isolement stable de E coli O: H suggère qu’une partie de la réduction de l’incidence de la culture Les résultats de l’enquête en laboratoire FoodNet sont similaires à ceux d’une enquête nationale des laboratoires de microbiologie clinique menée par le College of American Pathologists en Selon les résultats de cette enquête, la plupart des laboratoires ont testé régulièrement les espèces de Salmonella, Shigella et Campylobacter. En revanche,% des laboratoires ont régulièrement testé les espèces de Yersinia,% ont régulièrement testé E coli O: H, et% ont été régulièrement testés. Espèces de Vibrio Une enquête plus petite des laboratoires cliniques a montré que% des laboratoires ont testé des espèces de Yersinia,% routinel y testés pour E coli O: H, et seulement% testés systématiquement pour les espèces Vibrio Boyce et al ont trouvé que% d’un échantillon aléatoire de laboratoires américains interrogés en décembre et en janvier ont régulièrement testé E coli O: H, avec un En outre, les laboratoires de l’ouest et du nord-est des États-Unis étaient plus susceptibles de rechercher E coli O: H en routine et dans des échantillons de selles sanglantes, comparativement aux laboratoires du Midwest et du sud des États-Unis. Les résultats d’une enquête menée dans des laboratoires des États du Golfe, région où l’incidence de l’infection par Vibrio non cholérique a augmenté, ont montré que la culture de routine de Vibrio à l’aide de gélose TCBS était effectuée dans% des laboratoires et des laboratoires. Pourcentage de prélèvements de selles Cette proportion est légèrement inférieure au pourcentage de laboratoires de la surveillance FoodNet qui ont déclaré avoir systématiquement testé Vibrio en utilisant TCBS agarOne limitation de la présente analyse est la difficulté de vérifier l’estimation du nombre de spécimens de selles traités. Les grands laboratoires commerciaux situés dans les zones de surveillance FoodNet peuvent également avoir reçu des spécimens provenant de l’extérieur des zones de surveillance, ce qui augmenterait les estimations des échantillons testés. taux d’isolement calculés Les estimations fournies peuvent également inclure plusieurs échantillons provenant du même patient. Cependant, le nombre d’échantillons de selles testés a été utilisé pour pondérer le volume relatif des tests en laboratoire. Une mesure plus précise du nombre d’échantillons de selles testés serait particulièrement utile. Des études de validation utilisant des enregistrements de laboratoire informatisés ou des études sur tous les spécimens de selles pour les agents pathogènes dans la surveillance de FoodNet dans des laboratoires sentinelles pourraient clarifier davantage ces problèmes. La culture de selles bactériennes est l’un des tests de diagnostic les plus laborieux et les plus coûteux, par échantillon positif pour la culture Pour augmenter la proportion d’échantillons de selles qui donnent un résultat positif, des échantillons de selles des patients hospitalisés pour & gt; Les tests ciblés utilisant des données épidémiologiques peuvent également augmenter le rendement de culture de selles bactériennes. Par exemple, pour un patient souffrant de gastro-entérite qui rapporte un historique récent de consommation de fruits de mer crus, l’inclusion de gélose TCBS pour tester l’échantillon de selles. Les fournisseurs de soins de santé doivent être conscients des agents pathogènes bactériens, parasitaires et viraux qui sont régulièrement testés dans les échantillons de selles soumis et conscients de l’importance des résultats de laboratoire positifs pour la santé publique. Une analyse a montré que les médecins dans les sites FoodNet en L’incidence de l’infection par E. coli O: H était plus susceptible de supposer à tort que le dépistage de cet agent pathogène était inclus dans une culture bactérienne de selles Enfin, plusieurs chercheurs ont suggéré que les changements dans le financement des soins de santé et la réduction des coûts Les mesures prises dans les laboratoires de microbiologie clinique peuvent avoir un effet négatif sur la sensibilité de la surveillance de la santé publique. Les récentes directives de l’Infectious Diseases Society of America ont inclus des propositions visant à maximiser l’utilité de la culture de selles bactériennes pour les médecins, les microbiologistes et les responsables de la santé publique qui s’intéressent à la surveillance et au contrôle des maladies diarrhéiques et alimentaires. Ces lignes directrices réitèrent la recommandation précédente selon laquelle au moins tous les spécimens de selles sanglantes doivent être testés pour E coli O: H Le taux relativement élevé d’isolement de E coli O: H démontré dans la présente étude, appuie la recommandation que tous les échantillons de selles les patients souffrant de diarrhée aiguë doivent être testés pour E coli O: H

Membres du groupe de travail Foodnet

CDC: Frederick Angulo, Timothy Barrett, Michael Beach, Nancy Bean, Thomas Boyce, Laura Conn, Vance Dietz, Mary Evans, Cindy Friedman, Kate Glynn, Patricia Griffin, John Hatmaker, Peggy Hayes, Debra Helfick, Thomas Hennessy, Mike Hoekstra, Lori Hutwagner, Beth Imhoff, Malinda Kennedy, Deborah Levy, Bill MacKenzie, Kathleen Maloney, Nina Marano, Paul Mead, Thomas Navin, Sarah Pichette, Robert Pinner, Sudha Reddy, Laurence Slutsker, Karen Stamey, Bala Swaminathan, David Swerdlow Robert Ratee, Thomas Van Gilder, Drew Voetsch, David Wallace, Stephanie Wong et Samantha Yang Rowe Californie: Sharon Abbott, Felicia Chi, Pam Daily, Marianne David, Mary Ann Davis, Lisa Gelling, Alexander McNees, Janet Mohle-Boetani, Nanteeni Mukerjee, Joëlle Nadle, Jan O’Connell, Judy Rees, Kevin Reilly, Art Reingold, Gretchen Rothrock, Michael Samuel, Sue Shallow, Ben Silk, Duc Vugia, Stephen Waterman et Ben Werner Connecticut: Gary Budnick, Matthew Cartter, Terry Fiorentino, James Hadler, Robert Howard, Gazala Kazi, Aristea Kinney, Ruthanne Marcus, Donald Mayo, Patricia Mshar, Randall Nelson, Quyen Phan, Robin Ryder et Charles Welles Géorgie: Sabrina Burden, Molly Bardsley, Wendy Baughman, Paul Blake, Shama Desai, Monica Farley, Katherine Gibbs-McCombs, Laura Gilbert, Jane Koehler, Mina Pattani, Susan Ray, Matthew Sattah, Suzanne Segler, Kathleen Toomey et Sabrina Whitfield Maryland: Bernadette Albanese, Lillian Billman, Alicia Bustamante, Amy Carnahan, Michael Carter, Marcia Criscio, Yvonne Deane-Hibbert, Diane Dwyer, Lora Gay, Althea Glenn, Charmaine Gregg, Lee Harrison, Kelly Henning, Yvonne Hibbert, Kim Holmes, Jackie Hunter, Judith Johnson, Tobi Karchmer, Melissa Kent, J Glenn Morri, Jr, Lola Olabode, Peggy Pass, Jafar Razeq, Jeffery Roche, Dale Rohn, Christine St Ours, Christian Steiner, Alexandre Sulakvelidze, Frances Yarber, et Yongyu Wang Minnesota: Jeff Bender, John Besser, Richard Danila, Valerie Deneen, Craig Hedberg, Julie Hogan, Heidi Kassenborg, Carl ota Medus, Michael Osterholm, Kirk Smith, Dana Soderlund, et Julie Wicklund New York: Bridget Anderson, Dianna Bopp, Hwa-Gan Chang, Kathy Carlton, Barbara Damaske, Nellie Dumas, Marie Fitzgerald, Karim Hechemy, Jonathan Hibbs, Julia Kiehlbauch, Dale Morse, Candace Noonan, Brian Sauders, Perry Smith, Nancy Spina, Cathy Stone et Shelley Zansky Orégon: Vijay Balan, Chris Biggs, Maureen Cassidy, Paul Cieslak, Emilio DeBess, David Fleming, Bill Keene, Stephen Ladd-Wilson, Lore Lee, Eileen Lorber, Steve Mauvais, Teresa McGivern, Beletshachew Shiferaw, Bob Sokolow, Regina Stanton et John Townes Tennessee: Brenda Barnes, Effie Boothe, Allen Craig, Diane Eigsti Gerber, Timothy Jones, William Moore, William Schaffner et Pat Turri Département américain de l’agriculture, Service d’inspection de la sécurité sanitaire des aliments: Arthur Baker, Ruth Etzel, Jill Hollingsworth, Peggy Nunnery, Phyllis Sparling et Kaye Wachsmuth, Food and Drug Administration des États-Unis, Centre de sécurité alimentaire et de nutrition appliquée: Sean Alterkruse, Ken Fal ci, Bing Garthright, Janice Oliver et Clifford Purdy