Commentaire éditorial: Séquençage de nouvelle génération non biaisé et nouvelle découverte de pathogènes: avantages indéniables et inconvénients encore existants

Un ensemble abondant de données métagénomiques pour la flore pathogène et la flore normale sont nécessaires.Sur cet aspect est directement lié à la validation des données obtenues par l’END lorsqu’il est appliqué à la découverte de pathogènes. En effet, pour être identifié comme agent causal d’une maladie, un microorganisme doit satisfaire différentes exigences. et de manière idéale répondre aux postulats de Koch Ainsi, trouver des séquences spécifiques par NGS n’est que la première étape pour déterminer si un certain micro-organisme est associé à la maladie. Une autre étape critique est représentée par l’assemblage du génome entier du pathogène candidat. représente la base pour effectuer une analyse phylogénétique détaillée qui peut fournir, par exemple, des indications sur la pathogénicité potentielle du micro-organisme identifié. Cet aspect est bien décrit dans l’étude de Naccache et al Ces auteurs ont pu montrer que HAstV-VA / HMO-C-UK partage% identité avec HAstV-SG, préalablement détectée dans le tissu cérébral d’un immunocompromis d enfant avec encéphalite mortelle , et% -% identité avec des astrovirus liés à des maladies neurologiques chez les visons et les bovins Par ailleurs, la connaissance de la séquence complète du génome du microorganisme, ou couverture de la plupart, est nécessaire au développement de Dans ce contexte, Brown et al ont pu confirmer la présence de HAstV-VA / HMO-C-UK dans le tissu cérébral, CSF. , selles et sérum de leur patient par PCR en temps réel et dans les corps / processus cellulaires des neurones pyramidaux par immunohistochimie Naccache et collaborateurs ont pu identifier la séquence d’astrovirus dans les tissus cérébraux de leur patient par RT-PCR et par hybridation in situ Ces analyses moléculaires sont particulièrement importantes lorsque le nouveau pathogène appartient à des microorganismes difficiles à cultiver, comme c’est le cas des astrovirus qui ne peuvent pas être facilement isolés in vitro. À cet égard, il convient de mentionner que dans le cas de Naccache et de ses collègues, de faibles taux d’astrovirus dans le LCR indiquent une production inefficace de virions libres. chez leur patient, seul l’échantillon CSF obtenu en milieu peropératoire s’est avéré faiblement positif par le seuil du cycle RT-PCR =, alors que les échantillons de LCR prélevés et les jours précédant la procédure étaient négatifs Ces résultats soulèveraient la question du besoin De plus, Brown et al., en plus de la biopsie cérébrale, ont pu détecter HAstV-VA / HMO-C-UK dans des échantillons de liquide céphalo-rachidien, ainsi que des biopsies pour diagnostiquer correctement l’encéphalite. comme dans les selles et dans le sérum de leur patient, avant et après l’apparition des symptômes neurologiques Ces résultats soulignent la nécessité d’étendre l’analyse à un large éventail de spécimens dans le but d’atteindre un diagnostic de maladie neurologique Enfin, une analyse épidémiologique visant, par exemple, à identifier le pathogène candidat chez des patients et chez des individus asymptomatiques ou dans une région / emplacement géographique spécifique pourrait soutenir un lien causal avec la maladie Brown et ses collègues. dépistage épidémiologique à petite échelle dans la salle où leur patient a été hospitalisé et à plus grande échelle dans les hôpitaux locaux et autres Cette analyse a indiqué une faible prévalence de HAstV dans la population hospitalisée, confirmée par une étude transversale de la communauté de diarrhée Il a également soutenu la présence de HAstV chez les hôtes immunodéprimés et suggéré la possibilité de transmission indirecte de l’agent infectieux entre les patients. Il faut noter que dans les deux études, le patient est décédé malgré la létalité, en particulier dans les infections virales immunodéprimées. hôtes, n’est pas un événement surprenant, il ne peut être exclu que le A cet égard, dans l’étude de Naccache et al, après diagnostic de l’infection par un astrovirus, un traitement par la ribavirine et des immunoglobulines intraveineuses à fortes doses a été En conclusion, les deux études montrent que des données NGS non biaisées analysées avec un pipeline de calcul efficace et suivies d’un large éventail d’analyses de confirmation pourraient constituer un outil puissant pour le diagnostic des agents responsables de l’encéphalite. En termes plus généraux, des pathogènes inconnus / inattendus. Plus les études publiées sur les NGS sont bien menées, plus on peut s’attendre à ce que la standardisation des méthodes et le développement d’équipements et d’outils bioinformatiques simplifiés conduisent à des applications pratiques. la technologie dans les laboratoires de diagnostic dans un proche avenir e

Remarque

Conflit d’intérêts potentiel Les deux auteurs: Aucun conflit d’intérêt potentiel Les deux auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués